Affymetrix公司推出草莓基因分型芯片实现八倍体草莓基因组自动分

加利福尼亚州圣克拉拉2013年10月22日报道，Affymetrix公司(纳斯达克代码：AFFX)宣布推出Affymetrix Axiom® 草莓基因分型芯片(也称为International Strawberry 90K SNP array或IStraw90)，这是目前唯一一款能实现八倍体草莓基因组的高分辨率基因分型和全自动数据分析的解决方案。

这款90,000个SNP的芯片实现复杂性状的研究，并为种植园草莓(Fragaria × ananassa)的多性状分子标记辅助育种打下了基础。

种植园草莓是异源八倍体，其染色体数目为2n=8x=56。尽管目前有其他基因分型技术能够以高分辨率扫描农业物种的基因组，但大部分是为二倍体设计的。

有了Affymetrix先进的生物信息学和创新的设计策略，Axiom基因分型解决方案实现了全基因组范围的基因分型，并能准确检出二倍体及多倍体的基因型。这项技术已成功地应用到复杂基因组中，如玉米、玫瑰、小麦、鳟鱼和三文鱼。

Axiom 草莓基因分型芯片是通过Affymetrix和国际RosBREED snp联盟(IRSC)共同设计的，这也是“RosBREED”项目的一部分，旨在对蔷薇科作物进行遗传改良。

RosBREED团队包括基因分型组长Nahla Bassil(USDA-ARS，科瓦利斯)、示范育种者Tom Davis(新罕布什尔大学遗传学家)和基于谱系分析的组长Eric van de Weg(荷兰瓦赫宁根大学及研究中心)与Affymetrix芯片设计和生物信息学团队合作制定了SNP选择和数据分析策略。

RosBREED在其2013年9月的快讯上宣布芯片上市。芯片分析的初步结果已在美国园艺科学协会2013年学术年会上展示。

Nahla Bassil谈道：“IStraw90让我们创建高分辨率的草莓基因组遗传图谱，并让世界各地的草莓育种者逐步实现分子标记辅助育种。国际RosBREED SNP联盟一直在发现和验证有价值的性状位点。IStraw90将促进RosBREED的许多项目，并加快草莓的分子标记辅助育种。”

Eric van de Weg表示：“之所以能够成功地设计并分析来自八倍体草莓基因组的数据，是因为Affymetrix公司Axiom myDesign定制芯片、生物信息学和产品支持团队的专业知识、承诺及合作努力。有工具能在如此短的时间内构建如此高标记密度的图谱，感觉真棒。我们预计此芯片将会成为全基因组分析和分子标记辅助育种的宝贵资源，应用在美国、欧洲及其他许多育种项目中。”

“八倍体草莓基因组的基因分型证明了Axiom基因分型平台对复杂基因组的遗传变异分型上的能力和精确性，”Affymetrix遗传分析和临床应用业务部门的执行副总裁Andy Last谈道。“芯片设计过程和Axiom 草莓基因分型芯片所使用的自动化分析软件的更新是我们平台的重大里程碑，让全世界的植物和动物基因分型机构能依靠Axiom myDesign定制过程和分析软件对更多感兴趣的物种进行基因分型。”

Axiom 草莓基因分型芯片将继牛、鸡和水牛芯片后，成为Axiom农业基因组学基因分型芯片目录的补充。这些产品已经用于全基因组关联研究、数量性状位点作图和基因组作图，也用于分子标记辅助选择和基因组选择等育种项目。

随着科学家利用新一代测序平台逐渐解码各种植物、动物和鱼类的基因组，他们能将那些发现转化成Axiom基因分型平台上的常规应用，从而推进他们的研究和商业项目。